Mimoriadne bohatý fond archeológie je prezentovaný štyrmi väčšími celkami. Praveký a včasnostredoveký vývoj regiónu poskytuje chronologický prehľad archeologických nálezov od objavenia sa človeka až po počiatky slovanského osídlenia, s dôrazom na mladšiu dobu kamennú, Keltov a laténsku kultúru a dobu rímsku, zastúpenú nálezmi germánskych Kvádov a Vandalov. Bronzová industria je zastúpená produktmi pilinskej a kyjatickej kultúry, s dôrazom na šperkárstvo, výrobu nástrojov a zbraní. Pilinská a kyjatická kultúra sú prezentované nálezmi sídliskového typu a nálezmi prezentujúcimi žiarový spôsob pochovávania. V roku 2000 bola expozícia rozšírená o celok Božský trias zo Včeliniec a jeho ľud, pamiatku eneolitickej bádenskej kultúry (2300 - 1900 pred n. l.). V európskych mierkach sa jedná o unikátne nálezy zachytávajúce spôsob života a pohrebný rítus vtedajšieho ľudu.